Plusieurs scènes du film nous montrent des pêcheurs et des responsables locaux questionnant Ric O’Barry au sujet de ses activités à Taiji destinées à faire connaître le problème. Ric O’Barry déclare d’ailleurs dans une des scènes : « Au début, j’étais le bienvenu ici, mais aujourd’hui, s’ils pouvaient, ils me liquideraient. Et je n’exagère pas. Si les pêcheurs pouvaient m’attraper et me tuer, ils le feraient. »

Des panneaux affichant « Défense d’entrer » ou « Danger » nous font comprendre que « la baie » se situe dans une aire protégée d’un parc national de Taiji. Cela conduit Louie Psihoyos, le réalisateur, et son équipe à lancer une opération secrète afin de filmer la cruauté avec laquelle les dauphins sont tués au large des côtes de ce petit village au charme désuet. Grâce à des caméras cachées, les spectateurs peuvent alors observer les eaux de l’océan passer du bleu au rouge au fur et à mesure que le sang répandu par le massacre matinal des dauphins emplit la baie, une pratique quotidienne exercée à l’abri des regards du grand public japonais et du reste du monde.

« J’ai compris qu’avec ces images, je pouvais montrer une réalité – celle de Taiji – qui n’est en fait qu’un petit aspect d’un problème bien plus vaste » déclare Psihoyos. Car pour ce dernier, le sujet de The Cove – La Baie de la honte fait écho aux vastes problèmes que sont la surpêche, la dégradation des océans et l’empoisonnement au mercure, ainsi qu’à leurs conséquences sur la santé humaine en tant que droit fondamental.

Le film a aujourd’hui suscité une certaine prise de conscience et la volonté de mettre un terme à ce massacre tenu secret. En février 2010, on a appris que The Cove – La Baie de la honte allait être distribué au Japon, la sortie étant pour l’instant prévue pour avril. Parallèlement, Ric O’Barry poursuit ses actions puisqu’il organise une réunion publique à Taiji le 1er septembre 2010 pour appeler à la mobilisation, alors que démarre la saison de la chasse aux dauphins, ce « peuple de la mer » comme l’appelle affectueusement le film. « Nous espérons qu’ils seront des milliers à venir à Taiji le 1er septembre pour montrer aux pêcheurs japonais que le monde entier est au courant de leurs agissements et que nous allons y mettre un terme. »